Ces maladies sont liées à une contamination bactérienne ou virale des aliments. La filière fruits et légumes en accord avec les professionnels de l'agroalimentaire ont établi des contrôles et un guide des bonnes pratiques hygiéniques assurant la mise sur le marché de produits de qualité. Le plus souvent, ces maladies alimentaires sont le résultat de négligences sanitaires du consommateur. Il faut différencier l'intoxication alimentaire, provoqué par des toxines bactériennes, la toxi-infection alimentaire, dû à la prolifération bactérienne avec sécrétion de toxine, et l'infection alimentaire résultant de la multiplication des germes. Pour éviter cela, le respect de mesures d'hygiène simples est conseillé.